Lisa Günther spezialisierte sich bereits während ihrer akademischen Laufbahn auf die Trinkwassermikrobiologie. Im Rahmen ihrer Doktorarbeit an der Eawag, dem Wasserforschungsinstitut der ETH Zürich, untersuchte sie das Wachstum von Biofilmen auf polymeren Materialien. Ihre Forschungsarbeit führte zu mehreren Publikationen in Fachzeitschriften und zu Vorträgen auf internationalen Konferenzen.
Heute bringt sie ihr Fachwissen gezielt in die Praxis und Lehre ein. Als Dozentin unterrichtet sie unter anderem im SVGW-Lehrgang Brunnenmeister, in der Sanitärmeisterausbildung sowie im Weiterbildungskurs zur Legionellen-Beprobung. Darüber hinaus tritt sie regelmässig als Referentin bei Fachveranstaltungen wie dem Eawag Legionellen-Forum, dem Sanitärtag oder der SVG-Hygienetagung auf.
Ihre Expertise liegt in der Trinkwassermikrobiologie, der Biofilmbildung und in mikrobiologischen Prozessen in Trinkwasserinstallationen.