Lisa Günther besitzt grosses Fachwissen in der Trinkwassermikrobiologie mit einem Schwerpunkt auf Biofilme und mikrobiologische Prozesse in Trinkwasserinstallationen.​ Im Rahmen ihrer Doktorarbeit an dem Forschungsinstitut Eawag der ETH Zürich, erforschte sie das Wachstum von Biofilmen auf polymeren Materialien.​ Ihre Arbeit führte zu mehreren Veröffentlichungen in Fachzeitschriften sowie Vorträgen auf internationalen Konferenzen.​ Sie gibt ihr Wissen als Dozentin weiter, unter anderem im SVGW-Lehrgang Brunnenmeister, in der Sanitärmeisterausbildung sowie im Weiterbildungskurs zur Legionellen-Beprobung.​ Zusätzlich referiert sie bei Veranstaltungen wie dem Eawag Legionellen-Forum, dem Sanitärtag oder der SVG-Hygienetagung.